Paranoia on erotettava fobioista, jotka ovat itsepintaista tiettyjen tilanteiden, esineiden, eläinten, toimintojen tai sosiaalisten tilanteiden pelkoa. Sitä vastoin vainoharhainen henkilö syyttää tai pelkää älykkäitä olentoja heidän tarkoituksenmukaisten toimiensa vuoksi. Paranoia pitää myös erottaa perustellusta epäluuloisuudesta, kun yksilö tuntee levottomuutta oman persoonansa, ammattinsa, sukupuolensa, rotunsa, yhteiskuntaluokkansa tai muun ominaisuutensa takia eli kun pelkoon todella on aihetta.
Vainoharhainen henkilö pelkää perusteettomasti, että joku vainoaa tai tulee vainoamaan häntä. Toisaalta tällainen pelko saattaa johtaa sulkeutuneisuuteen, toisaalta taas yrityksiin pitää oletetut vainoajat loitolla.
